Während der byzantinischen Zeit

Gegen das Ende des 4. Jahrhundert n.Ch gab es keine Mysterien von Samothrake mehr und das Christentum war die Religion, die herrschte. Gleichzeitig begann der Niedergang der Insel und die Insel wurde am Rand des Meeres isoliert, obwohl sie so nah an der neuen Hauptstadt war.

Große Erdbeben in der 6. und 7. Jahrhundert, die slawischen Invasionen des 8. Jahrhunderts und die Plünderungen derSarazenen das nächste Jahrhundert hatten die Abkehr der Bewohner von der Inseldazu beigetragen. In den folgenden Jahrhunderten des Byzanz und bis die Herrschaft der Genueser im 15. Jahrhundert wurde Samothrake als ein Ort der Verbannung für Byzantinische verwendet. Im 13. Jahrhundert, die Auflösung der großen Flotte lieferte Samothrake und den anderen Inseln der Ägäis auf die Gnade der Türken aus.

Im Jahre 1430 geht Samothrake in die Hände derGattilusi und der Herrscher „PalamidisGateloyzos“hat die Insel befestigt, wasman auch heutzutage, wegen der Überreste der Türme in „Palaiapoli“, in „Chora“ und in„Fonias“merken kann. Zu der Zeit versuchte er sogar eine Generalsanierung der Insel zu machen, mit der Gründung der Besiedlung der „Chora“ und die Versammlung der sehr wenigen Einwohner dort.