Κατά τα Βυζαντινά Χρόνια

Στα τέλη του 4 ου μ.Χ αιώνα τα Μυστήρια της Σαμοθράκης είναι πια παρελθόν και ο Χριστιανισμός είναι η θρησκεία που επικρατεί. Ταυτόχρονα αρχίζει και η παρακμή του νησιού και τα νησί θα απομονωθεί στην άκρη του Πελάγους, αν και βρίσκεται τόσο κοντά στη νέα πρωτεύουσα.

Οι μεγάλοι σεισμοί του 6ου και 7ου αιώνα, οι σλαβικές επιδρομές του 8 ου αιώνα και οι λεηλασίες των Σαρακηνών τον επόμενο αιώνα συντέλεσαν στην ερήμωση του νησιού. Στους επόμενους αιώνες του Βυζαντίου και μέχρι την κυριαρχία των Γενουατών τον 15ο αιώνα η Σαμοθράκη χρησιμοποιείται πια ως τόπος εξορίας των Βυζαντινών. Κατά τον 13 ο αιώνα η διάλυση του μεγάλου στόλου, αφήνει την Σαμοθράκη και τα υπόλοιπα νησιά του Αιγαίου στο έλεος των Τούρκων.

Το 1430 η Σαμοθράκη περνάει στα χέρια των Gattilusi και ο ηγεμόνας Παλαμήδης Γατελούζος την οχύρωσε, όπως μαρτυρούν σήμερα τα απομεινάρια των πύργων της Παλαιάπολης, της Χώρας και του Φονιά. Την εποχή μάλιστα εκείνη επιχειρείται μια γενικότερη ανασυγκρότηση στο νησί, με την ίδρυση του οικισμού της Χώρας και τη συγκέντρωση των λιγοστών κατοίκων εκεί.