Τα χρόνια της Τουρκοκρατίας

Στο μέσο του 15ου αιώνα η Σαμοθράκη περνά στην κυριαρχία του Σουλτάνου και μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453, οι περισσότεροι κάτοικοί της εγκαθίστανται στην Κωνσταντινούπολη με αποτέλεσμα το νησί να περάσει οριστικά στη λήθη. Η κατάσταση φαίνεται να αλλάζει μόλις στα τέλη του 18ου αιώνα μετά τη σύντομη ρωσική κατοχή. Στις αρχές του 19ου αιώνα ο πληθυσμός σημειώνει σημαντική αύξηση και ταυτόχρονα παρατηρείτε μια οικονομική άνοδος. Την ανοδική αυτή πορεία θα ανακόψουν απότομα οι Τούρκοι το 1821, οι οποίοι θα αποβιβαστούν στο νησί για να καταπνίξουν την τοπική εξέγερση. Η μεγάλη σφαγή της Σαμοθράκης έγινε την Τρίτη στη 1 Σεπτεμβρίου του 1821 στη περιοχή «Φκας» , όπου 700 στρατιώτες σφαγιάστηκαν. Όσοι γλίτωσαν πουλήθηκαν και ανάμεσά τους και οι πέντε Νεομάρτυρες που το 1836 γύρισαν και μαρτύρησαν στη Μάκρη. Η μνήμη τους γιορτάζετε στη Σαμοθράκη, στη Μάκρη και στο Άγιο Όρος την Κυριακή του Θωμά. Ο ελληνικός στόλος απελευθερώνει τη Σαμοθράκη στις 19 Οκτωβρίου 1912, ενώ η προσάρτησή της επικυρώνεται το 1914 με το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας.