Πανίδα

Το φθινόπωρο και την άνοιξη το νησί γίνεται καταφύγιο αποδημητικών πτηνών τα οποία σταματάνε για να τραφούν και να ξεκουραστούν πριν συνεχίσουν το μεγάλο τους ταξίδι. Εδώ συναντώνται μεταναστευτικά και σπάνια γεράκια οι μαυροπετρίτες (οι οποίοι φωλιάζουν στη νότια πλευρά του νησιού) , αρπακτικά πουλιά (γεράκι , χρυσαετός) , λευκοπελαργοί και πολλά μικρόπουλα. Οι ποικιλία των πτηνών που διέρχονται έστω και περιστασιακά από το νησί είναι συνέπεια του γεγονότος ότι η Σαμοθράκη αποτελεί έναν σημαντικό βιότοπο κατάλληλο για το φώλιασμα και την τροφή πολλών ζώων.

Η τεράστια ποικιλία σε θαλάσσια είδη και ψάρια (πάνω από 4000) και οι πολλές σπηλιές που υπάρχουν στο νησί αποτελούν πόλο έλξης για τις φώκιες monachous-monachous και τις θαλάσσιες χελώνες caretta-caretta που αποζητούν καταφύγιο. Εξάλλου οι θαλάσσιοι βιότοποι γύρω από το νησί είναι από τους σημαντικότερους και πλουσιότερους σε όλη την Ελλάδα.Τέλος, στο νησί συναντάτε το σπάνιο είδος πλέον ελληνικού αγριοκάτσικου που ανήκει σε συγγενική οικογένεια με το κρητικό κρι-κρι. Λιβελούλες, φίδια και διαφόρων ειδών έντομα αποτελούν κι αυτά μέρος της πανίδας του νησιού.