Από τον αποικισμό μέχρι τη Ρώμη

Ο ελληνικός αποικισμός του νησιού δεν είναι σαφές κάτω από ποιες συνθήκες έγινε και οι παρουσία ιωνικών και αιολικών στοιχείων θα μπορούσε να στηρίξει όλες τις εκδοχές που θέλουν τους αποίκους να έρχονται, είτε από τη Φρυγία είτε από τα νησιά του Αιγαίου, μεταξύ των οποίων και της Σάμου. Σύμφωνα με τους αρχαιολόγους G. Fredrich και C. Lemann η εγκατάσταση των πρώτων Ελλήνων στο νησί έγινε μεταξύ 800 π.Χ- 700 π.Χ.

Η αρχαία πόλη σημείωσε πολύ γρήγορα μεγάλη ακμή , οποία βέβαια οφείλονταν και στην προνομιακή θέση του νησιού, με αποτέλεσμα οι κάτοικοι της να αποικίσουν την απέναντι θρακική παραλία ανάμεσα στον Έβρο και τη Μαρώνεια. Η δημιουργία μιας σειράς εμπορικών σταθμών στην γύρω περιοχή και η ραγδαία ανάπτυξη του εμπορίου την ανέδειξαν κατά τους αρχαϊκούς χρόνους, σε μια σπουδαία πόλη κράτος, με δικό της πολεμικό στόλο και νόμισμα.

Κατά τον 50 αιώνα το νησί βρίσκετε στο πλευρό των Περσών και λαμβάνει μέρος στην ναυμαχία της Σαλαμίνας με τους Πέρσες. Το 477 π.Χ. γίνετε μέλος της Αθηναϊκής Συμμαχίας και μετά τη λήξη του Πελοποννησιακού πολέμου περνά στα χέρια των Σπαρτιατών. Κατά την εποχή αυτή η φήμη των μυστηρίων της Σαμοθράκης είναι μεγάλη και το ιερό των Μεγάλων Θεών γίνεται σημαντικό διεθνές θρησκευτικό κέντρο. Η Σαμοθράκη περιέρχεται στο κράτος της Αιγύπτου, μετά από την κατάκτηση της Θράκης από τους Πτολεμαίους. Αργότερα περνά στα χέρια των Μακεδόνων γεγονός που της προσέδωσε μεγάλη αίγλη. Η περίοδος αυτή θα διαρκέσει και κατά τους ελληνιστικούς χρόνους και το νησί χάρη στο ιερό των Μεγάλων Θεών θα τεθεί υπό βασιλική προστασία. Στη συνέχεια υποτάσσετε στους Ρωμαίους, οι οποίοι γοητευμένοι από τα Μυστήρια θεωρούν το νησί Ιερό και το Τέμενος των Μεγάλων Θεών άσυλο.